عموما تحصیل در مقطع کارشناسی ارشد در جمهوری چک می تواند بین 1 سال تا 3 سال طول بکشد. در بعضی از رشته ها نیز ممکن است بین 4 تا 6 سال نیز به طول انجامد که بستگی به رشته و نوع فعالیت رشته (عملی-نظری) دارد. دانشگاه های جمهوری چک با بیش از 42,000 دانشجو در مقطع کارشناسی ارشد، از سپتامبر تا جوئن پذیرای دانشجویان بین المللی است. دانش آموختگان در برنامه های کارشناسی ارشد در پایان تحصیل با ارائه یک پایان نامه و دفاع از پایان نامه فارغ التحصیل می شوند، مطالعات انجام شده در رشته های پزشکی، دامپزشکی و بهداشت خواستار ارائه و دفاع از پایان نامه است.